通知明确了环境保护税开征前各地需做的各项准备工作，要求加强组织领导，建立地方人民政府领导下的多部门协作工作机制，形成各司其职、齐抓共管的良好局面，确保环境保护税开征工作顺利启动、平稳推进。
通知要求各地落实税法授权事项，确定本地区应税大气污染物和水污染物具体适用税额，以及应税污染物排放量抽样测算和核定征收方法。各级环保部门和税务部门要及时交接档案资料，实现税务、环保部门涉税信息数据交换共享;税务部门要全面摸清本地区税源情况，掌握税源底数，抓紧建立基础税源数据库。
据了解，税务总局和环境保护部此前已共同签署《环境保护税征管协作机制备忘录》，建立了部局层面的征管协作机制，为各地加强部门合作做出了示范表率。